质谱仪zui重要的应用是分离同位素并测定它们的原子质量及相对丰度。测定原子质量的精度超过化学测量方法，大约2/3以上的原子的质量是用质谱方法测定的。质谱方法还可用于有机化学分析，特别是微量杂质分析，测量分子的分子量，为确定化合物的分子式和分子结构提供可靠的依据。火花源质谱仪不仅可以进行固体样品的整体分析，而且可以进行表面和逐层分析甚至液体分析；激光探针质谱仪可进行表面和纵深分析；辉光放电质谱仪分辨率高，可进行高灵敏度，高精度分析。

质谱仪的性能指标是它的分辨率，如果质谱仪恰能分辨质量m和m+Δm，分辨率定义为m/Δm。现代质谱仪的分辨率达 105 ～106 量级，可测量原子质量到小数点后7位数字。质谱仪真空泵的保养方法，检查和清洁前置真空泵入口过滤器，旋开入口转接器，取下‘O’ ring，弹性挡圈和入口过滤器。质谱仪以离子源、质量分析器和离子检测器为核心。离子源是使试样分子在高真空条件下离子化的装置。

质谱根据离子化方法分类：基质辅助激光解析电离（MALDI，激光照样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光吸收能量传给生物大分子，电离生物分子将质子转到生物分子或从生物分子得到质子.TOF原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，质核比与其飞行时间成正比。作图时浓度为纵坐标质核比为横坐标。用胰蛋白酶处理时主切Lys和Arg，Arg灵敏）、电喷雾电离（ESI, 使大质量有机分子离子化，有小分子带电残基机制和大电子离子蒸发机制。